מסופר בגמרא (שבת לג:): מעשה שישבו יחד רבי יהודה ורבי יוסי ורבי שמעון בר יוחאי, והיה ביניהם אדם ששמו יהודה בן גרים, פתח רבי יהודה ואמר: כמה טובה הנהגתה של האומה הרומאית אשר תיקנה שווקים וגשרים ומרחצאות, רבי יוסי שתק, אך רבי שמעון הגיב לדברים: כל מה שתיקנו לא היה לטובת העולם, אלא להנאת עצמם, כי השווקים תיקנו להושיב בהם זונות, המרחצאות לעדן בהם את עצמם, והגשרים כדי לגבות בהם מכס מכל אחד. הלך יהודה בן גרים וסיפר הדברים לאנשי ביתו, ומפה לאוזן נתפרסמו והגיעו הדברים לאזני המלך, ויצא גזר הדין לאמר: יהודה שדיבר טוב, יהיה ראש המדברים בכל מקום, דהיינו שבכל מקום יכבדוהו ראשון ואף יהיה ראש ישיבה בכל מקום שירצה, רבי יוסי ששמע גנותנו ושתק, יגלה לציפורי הסמוכה לצפת, ורבי שמעון שדיבר רע ייהרג. וכששמע רבי שמעון את פסק הדין ברח עם בנו והם הסתגרו בישיבה ולא יצאו החוצה. [מה שלקח את בנו אף על פי שהגזירה לא היתה על בנו משום שלא הספיק ללמדו תורה ופחד עליו מאוד ורצה ללמוד עימו תורה (בשם הרב חיים כהן זצ"ל אייר תשע"ג) ושמעתי עוד שיש שפחד רבי שמעון שאם לא ימצאו אותו יהרגו את בנו] בכל יום היתה אשתו מביאה להם פת ומים והם ניזונו מכך, וכשתקפה הגזרה והתחילו מחפשים אחריהם אמר רבי שמעון לבנו: נשים דעתן קלה עליהן ואני חושש שמא יאיימו על אמך ואז יתגלה מקום מחבואנו, לכן בא ונברח ונתחבא במערה.
בזמן שהייתם במערה היו פושטים בגדיהם, נכנסים בחול ומכסים את כל גופם עד צווארם. כל היום היו לומדים וכשהיה מגיע זמן התפלה, היו לובשים בגדיהם וזה כדי שלא יבלו הבגדים. [מדוע היו פושטים בגדיהם ונכנסים בחול? יש שרצו לבאר כי רצה רבי שמעון להוריד לעולם סודות עליונים להאיר את העולם באור קדוש לכן נצרך לזכך גופו ולשב בתוך העפר כמו מת ממש כדי לזכך גופו שיוכל להוריד לעולם אור רוחני גבוה מאוד ולהשפיע שפע עצום בעולם, ולכן דווקא נעשה להם נס עם עץ חרובין שמחריבים כל גופו של האדם כדי לזכך את החומר, רבי יהושע מקוטנא (בסוף שו"ת ישועות מלכו הובא גם בנחלת שדה) מביא עוד טעם, כי לפני חטא עץ הדעת היו אדם וחוה ערומים, ובעקבות החטא עשה להם הקדוש ברוך הוא כתנות עור והלבישם, אבל רבי שמעון בר יוחאי ורבי אלעזר אשר הגיעו לדרגת אדם הראשון קודם החטא, לא היו נצרכים לבגדים].
באורח נס גדל על פתח המערה עץ חרוב [שבדרך כלל עץ חרוב לוקח 70 שנה להוציא פירות נעשה נס וצמח מיד והוציא פירות (תוספות מסכת תענית דף כג.)] ונברא להם מעין שהיה מוציא להם מים ומהם התפרנסו במשך 12 שנה והיו אוכלים חרובין עד שהעלה גופן חלודה. פעמיים בכל יום היה אליהו הנביא מגיע למערה ללמוד איתם יחד (זוהר כי תבוא עג.).
[בספר לבנת הספיר (לרבי דוד בנו של רבי יהודה החסיד פרשת בראשית דף ג' טור א') אותה מערה שהתחבאו בה רבי שמעון ובנו ובנו 13 שנה, היתה אותה המערה שנתגלה הקדוש ברוך הוא למשה רבינו ואליהו הנביא, כמבואר בגמרא בפסחים (נו.) בין עשרה דברים שנבראו בערב שבת בין השמשות: "מערה שעמד בה משה ואליהו". ופירש רש"י: ומערה שעמד בו משה, ושמתיך בנקרת הצור עד עברי. וכן באליהו (מלכים א', י"ט, ח') "וילך עד הר האלהים חורב ויבוא שם אל המערה וילן שם". ובאותה מערה נתחבאו רבי שמעון ורבי אלעזר בנו, ולכאורה הרי משה לא נכנס לארץ ישראל אלא שאותה מערה הייתה הולכת ממקום למקום בדרך נס]. (נחלת שדה).
נכתב על ידי הרב שלמה בצרי